Maria Elisabeth được mẹ bổ nhiệm làm trưởng Tu viện dành cho Quý bà ở Innsbruck, nhưng giống như chị gái Maria Anna, người có địa vị tương tự như bà nhưng trên thực tế, bà không sống trong tu viện mà tiếp tục chia sẻ thời gian của mình với Tòa án Hoàng gia tại Hofburg và Schönbrunn.

Sau cái chết của mẹ bà là hoàng hậu Maria Theresia vào năm 1780, Maria Elisabeth và các chị của bà là Maria Anna và Maria Christina đã bị anh trai là hoàng đế Joseph II yêu cầu rời khỏi tòa án, vì ông xa lánh sự hiện diện của phụ nữ ở đó và muốn chấm dứt cái mà ông gọi là Weiberwirtschaft hay Cộng hòa Phụ nữ của em gái mình. Ông xác nhận việc mẹ ông bổ nhiệm Maria Christina và chồng bà làm thống đốc của Áo Hà Lan, sau đó họ rời đến Brussels, trong khi Maria Elisabeth và chị gái Maria Anna rời đi để tham gia các cuộc họp tương ứng của họ. Maria Elisabeth rời đến Tu viện Quý bà ở Innsbruck, nơi được mẹ bà thành lập vào năm 1765 để cầu nguyện cho linh hồn của người chồng quá cố, đó cũng là cha bà.

Maria Elisabeth cư trú tại Innsbruck với tư cách là viện trưởng của Tu viện Quý bà trong khoảng mười lăm năm. Ở đây - hay đúng hơn là trong Lâu đài Hoàng gia của Innsbruck, Maria Elisabeth cư trú từ tháng 5 năm 1781 cho đến tháng 1 năm 1806. Trên thực tế, vị trí của bà không giống với đời sống tu viện nhiều, vì các điều khoản của tu viện đã cho các thành viên của nó thứ hạng cao, một khoản phụ cấp cá nhân, một bộ phù hợp với một phụ nữ quý tộc và tự do tham gia vào cuộc sống công cộng và xã hội cao. Maria Elisabeth không sống một cuộc sống ẩn dật mà vui chơi nhiều trong căn hộ của mình, tiếp khách và thường thu xếp các buổi chiêu đãi gia đình. Trong những năm làm viện trưởng, bà được mô tả là thừa cân quá mức, được gọi là "Kropferte Liesl" ("Kropf" = bướu cổ) vì những vết rỗ và được mọi người biết đến và sợ hãi vì sự thông minh sắc sảo của bà. Bạn bè của bà mô tả bà là một người trong xã hội bình dân với tính cách bốc lửa. Sir John Swinburne đã mô tả sự hóm hỉnh sắc sảo và sự mỉa mai hài hước của bà khi ông đến thăm.

Khi em trai của bà là Leopold lên ngôi hoàng đế vào năm 1790, ông đã tham gia nhiều hơn vào các công việc nhà nước. Ông đã giao cho bà những nhiệm vụ đại diện, và vào năm 1790, bà đã thành kính mở Hội nghị cấp tỉnh (Landtag) tại Innsbruck thay cho ông, và bà thường đóng vai trò là đại diện của ông trong các dịp nghi lễ tại Innsbruck. Bà thường tiếp những vị khách quan trọng như hoàng tử, nhưng cũng có những nghệ sĩ tiếp đãi như Johann Wolfgang von Goethe. Bà được phép đi du lịch một lần nữa và đến thăm Thung lũng Puster trong một số lần cùng với nữ hầu phòng Bá tước Spaur, và trải qua mùa đông năm 1800-1801 ở Bruneck.